Pubblicazione | Toward a unified framework for determining conformational ensembles of disordered proteins
Un recente articolo scientifico intitolato “Toward a unified framework for determining conformational ensembles of disordered proteins” presenta un’importante iniziativa internazionale volta a migliorare lo studio delle proteine intrinsecamente disordinate (IDP), molecole fondamentali per numerosi processi cellulari ma ancora difficili da caratterizzare a livello strutturale.
Il lavoro nasce nell’ambito della COST Action “ML4NGP”, guidato da Dr. Alexander Monzon del nostro Dipartimento, con il contributo della comunità ELIXIR dedicata alle IDP, e propone lo sviluppo di un framework condiviso e integrato per descrivere in modo più accurato gli ensemble conformazionali di queste proteine altamente dinamiche.
Tra i protagonisti dello studio figurano diversi membri del dipartimento, tra cui il Dr. Alexander Monzon e il Prof. Tosatto, che hanno contribuito allo sviluppo dell’approccio computazionale e all’integrazione di metodologie avanzate. Il framework proposto combina infatti tecniche sperimentali di ultima generazione con strumenti computazionali innovativi, tra cui dinamica molecolare avanzata, strategie di campionamento basate sulla conoscenza e modelli di machine learning.
Lo studio evidenzia alcune sfide ancora aperte nel campo, come il miglioramento dei force field, l’efficienza del campionamento conformazionale e l’influenza delle condizioni ambientali. In questo contesto, le iniziative collaborative, i benchmarking condivisi e i protocolli standardizzati assumono un'importanza fondamentale.
